| Språk : |
|
| Encyclopedia gemenskap |Encyclopedia Svar |Submit fråga |Ordförråd Kunskap |Överför kunskap |
Proteome |
|
Proteome (Proteome) begrepp har föreslagits av Marc Wilkins, som definieras av en genomet (arvsmassan), eller en cell, vävnad uttryck av alla proteiner (protein). Proteome koncept och begreppet genomet finns det många skillnader, som tillsammans med organisationer, och även miljöförhållanden varierar. I transkription av en gen kan vara olika former av mRNA-splitsning, är ett protein grupp inte en direkt produkt av genomet, kan proteom antal proteiner överstiga ibland antalet genomet. Proteomik (proteomics) i början av "utvecklande" staten, experter på området förneka att det är en enkel metod, samma som genomik, inte en sluten, stabil konceptualisering av kunskap, utan snarare ett fält. Kort introduktion Proteomik fokuserade på dynamisk beskrivning genreglering av genuttryck genom kvantitativ bestämning av protein nivåer, identifiera sjukdomen, läkemedelseffekter på livsprocesser och förklara mekanismen för reglering av genuttryck som en vetenskap, inte från noll Proteome Research början, är det mer än 20 års historia av proteiner (polypeptider) spektroskopi teknik och genkartläggning en förlängning produkt polypeptid förlitar tvådimensionell elektrofores mönster (Två-dimensionell gelelektrofores, 2-DE) och en ytterligare bildanalys,. genen förlita sig på en variation av produkter efter separationen mönster analys, såsom masspektrometri, aminosyrasammansättningsanalys.Förhållande Eftersom variabeln förekomst av redigering och RNA redigering, kan många gener uttrycka en mängd olika proteiner. Sålunda är komplexiteten i proteome komplexitet än genomet mycket högre. Om en art arvsmassa har kartlagts, inte representerar proteomet av arten har också kartlagts. Detaljerad analys av proteinet produkten av en gen som skall integreras på den genomiska nivån, nivån av transkription och translation modifiering och reglering för att bestämma. Forskning Det finns två huvudsakliga aspekter, en strukturella proteomik, två är funktionell proteomik Forefront av deras forskning är i stort sett delas in i tre områden: ① mot genomet eller transcriptomen databas organism eller celler vävnad, fastställa sin proteomet eller sub-proteome och proteomik grupper koppling, som är sammansatt av proteomik. ② De viktiga livsprocesser eller folksjukdomar som objektet, genomföra viktiga fysiologiska och patologiska system eller processer eller partiella Proteome jämförande proteomik. ③ genom en mängd avancerad teknik för att studera interaktioner mellan proteiner, gör ett system av proteiner, nämligen interaktion proteomik, även känd som "cell karta" proteomik. Dessutom, som proteomicsforskning, har det funnits en del nya forskningsinriktningar, såsom subcellulära proteomik, kvantitativa proteomik. Proteomik är en viktig systembiologi forskningsmetoder. Den viktigaste tekniska Tvådimensionell gelelektrofores (2-DE) Tvådimensionell gelelektrofores och masspektrometri tekniken är för närvarande den mest använda forskning proteomik tillvägagångssätt. Tvådimensionell gelelektrofores med användning av isoelektrisk punkt och molekylära skillnader vikt för att skilja de olika proteinerna. Även den tvådimensionella gelelektrofores för att identifiera låg-överflöd proteiner svårt, de operativa kraven är också högre, men dess höga kapacitet, upplösning och repeterbarhet, och kan användas med MS funktioner, vilket gör den till den mest populära och tillförlitliga proteome forskningsverktyg. Två-dimensionell gelelektrofores och masspektrometri-baserad proteomik provberedningsförfarandet för isoelektrisk fokusering → → → polyakrylamidgelelektrofores gelén färgades protein fläckar av intresse gräva → → → gel matsmältningen peptid masspektrometri för att bestämma Fingeravtryck eller partiell aminosyrasekvens → använda databasen för att bestämma protein. Proteome forskning kräver hög upplösning protein separation och exakta och känsliga masspektrometriska metoder. Färgläggning gelelektrofores protein påverkar inte bara separation upplösning protein, men också påverka efterföljande masspektrometri. Färgning av proteiner kan delas in i organiskt reagens färgning, silverfärgning, fluorescensfärgning och isotoper kromogena fyra kategorier. Unlu och lägga fram ett fluorescerande differential display tvådimensionell elektrofores (F-2D-DIGE) kvantitativ proteomik analys. Skillnad gelelektrofores (DIGE) är en 2-DE förbättrad teknik, var en kombination av flera fluorescens analysmetod, tillsammans på samma gel åtskilda av ett flertal olika märkta fluorescerande prover, och för första gången introducerade den inre grundbegreppen. Två prover av proteiner märkta med olika fluorescerande blandad för 2-DE, används för att detektera proteinuttryck av de två proverna, vilket kraftigt förbättrar precision, pålitlighet och repeterbarhet. I DIGE teknik har varje fläck egen intern standard, och programvaran kan vara helt automatiserad peka på varje protein expression nivå av dess inre standard kalibrerad för att säkerställa att den detekterade proteinet överflöd är sant. DIGE teknik har använts i en mängd olika prover. Högpresterande vätskekromatografi (HPLC) Även om de två-dimensionell gelelektrofores (2-DE) är vanligen används i hela proteomanalys metod, men förekomsten av den begränsade upplösningsförmåga, diskriminering effekt, komplicerade förfaranden och andra defekter. För analysen av stort dynamiskt område, är låg överflöd och hydrofobt protein forskning ofta svårt att få tillfredsställande resultat. Chong et med HPLC / MS jämförande analys av elakartad cancer före och differentiellt uttryck av två proteiner. Proteiner separerades genom HPLC och MALDI-TOF-MS med identifieringen av de uppsamlade komponenterna, så att skillnaderna i de två cell-expression av proteinet för kvantitativ analys. Multidimensional vätskekromatografi som en ny separation teknik, det är molekylvikten och isoelektriska punkter de begränsningar som en kombination av olika transportsätt, en tvådimensionell gelelektrofores för diskriminering effekt eliminera, med topp kapacitet, enkel automatisering funktioner. D - jonbyteskromatografi på RP (2D-IEC-RPLC) är vanligast inom proteomik flerdimensionellt Vätskekromatografisystem. Ytförstärkt laserdesorptionsjonisering tid löptidsmasspektrometri Ytförstärkt laserdesorptionsjonisering time of flight masspektrometri 2002 av Nobelpristagaren i kemi Tanaka uppfinning, bara producera det orsakade akademisk uppmärksamhet. SELDI teknik är idealisk proteomik teknikplattform, som står för ytförstärkt laserdesorptionsjonisering time of flight masspektrometri (SELDI-TOF). Metoderna är följande: Under normala omständigheter provet efter en enkel förbehandling direkt droppar appliceras på ytan genom en speciell modifikation av chipet, kan jämföra skillnaderna mellan de två proven protein, är ett protein prov översikt också tillgängliga. Därför har programmet en betydande fördel. Prover av SELDI analys utan användning av vätskekromatografi eller gaskromatografi pre-renad, kan den användas för analys av komplexa biologiska prover. SELDI tekniken kan analysera hydrofoba proteiner, är PI för hög eller för låg i protein och lågmolekylära proteiner vikt (<25000), kan också hittas i de obehandlade proverna var maskerade låga koncentrationer av många proteiner som finns i organismer ökning markörer möjligheter. SELDI tekniken bara ett litet urval, i en relativt kort tid du kan få resultaten och testet reproducerbar, lämplig för klinisk diagnos och storskalig screening av sjukdomsrelaterade biomarkörer, i synnerhet, kan det vara direkt i urinen utan behandling , blod, cerebrospinalvätska, synovial gemensamt hålrum, bronkoalveolär sköljvätska, cellysat och olika sekret, för att detektera den molekylära vikten av provet i målproteinet, PI, glykosyleringsställen, och andra parametrar fosforylering . Isotopiskt märkt affinitetsmarkör (ICAT)-teknik Isotop affinitetsmarkör teknik under de senaste åren utvecklat en teknik för protein separation och analys, är denna teknik för närvarande i proteomik forskning tekniker kärnteknologier. Den teknik som används har en annan isotopisk massa proffs och etiketter (ICATs) märkta celler i olika tillstånd av cystein med tandem masspektrometri-tekniken, det blandade provet för masspektrometri. Två prover från samma typ av protein bildas relativt lätt identifieras två olika toppform kan vara mycket exakta jämförelser av proteinuttrycksnivåer i de två olika proverna. ICAT har den fördelen att det kan vara direkt blandade prover, kan snabba kvalitativa och kvantitativa identifiering av låg förekomst proteiner, speciellt hydrofoba membranproteiner såsom protein, Du kan även snabbt identifiera viktiga funktionella proteiner. Som ett resultat av en ny ICAT reagens, medan en kombination av vätskekromatografi och tandem masspektrometri, så att inte bara klara upp för bristen på tvådimensionell elektrofores teknik, men också möjliggör hög kapacitet, automatiserad proteomik analys enklare, noggrann och snabb, proteomanalys teknologi utgör en viktig utveckling riktning. För fosfoprotein analyser, och fast-fas-teknik kombinerat med ICAT själva tekniken har gjort en massa meningsfulla framsteg, har bildat ICA T Series-teknik. Isotoper med olika kvalitet affinitetsmarkör (ICATs) märke i olika stater cystein celler med tandem masspektrometri teknik för blandade prover analyserades med masspektrometri. Bioinformatics Under senare år, spelar bioinformatik inom biovetenskaplig forskning en allt viktigare roll. Använda bioinformatik för proteome olika databearbetning och analys, men också en viktig del av proteome forskning. Proteomik bioinformatik är en omistlig del av det. Bioinformatik utveckling, har inte bara en enkel genomet, proteomanalys av data, men också den kända genen produkt eller en ny omfattande analys. I proteome lagrade databasen organismer, vävnader eller celler alla uttryckta proteiner information genom ett musklick på en tvådimensionell proteingelelektrofores spot mönster kan erhållas Bedömning Såsom proteinidentifiering resultat, subcellulär lokalisering av proteiner, protein expressionsnivåer under olika förhållanden och annan information. För närvarande de mest populära databaserna är NRDB och dbEST databaser. NRDB av SWISS2PROT och GENPETP består av flera databaser, dbEST av US National Center for Biotechnology Information (NCBI) och European Bioinformatics Institute (EBI) medredaktör av nukleotid databaser; dataanalys programvara främst protein mönster analysprogram , protein identifiering programvara, proteiners struktur och funktion förutsägelse programvara. |
| Användare Omdöme |
|
Inga kommentarer |
